വിശുദ്ധ ഖുര്‍ആന്‍ വ്യാഖ്യാനങ്ങളില്‍ ഒരിനമാണ് ഇജ്തിഹാദീ തഫ്‌സീറുകള്‍. 'തഫ്‌സീറുന്‍ ബിര്‍റഅ്‌യ്' എന്ന പേരിലും ഇവ അറിയപ്പെടുന്നു. പ്രവാചകന്റെയും അനുചരന്മാരുടെയും താബിഉകളുടെയും അഭിപ്രായങ്ങള്‍ സനദുകളോട് കൂടി ഉദ്ധരിക്കുക മാത്രമാണ് സാധാരണ തഫ്‌സീറുകളില്‍ ചെയ്തിരുന്നത്. എന്നാല്‍ ഈ വിഭാഗത്തിലെ തഫ്‌സീറുകളില്‍ വ്യാഖ്യാതാക്കളുടെ പങ്ക് നിര്‍വഹിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ഇവയില്‍ മുഫസ്സിര്‍ (വ്യാഖ്യാതാവ്) ആയത്തുകളെക്കുറിച്ച് തന്റേതായ അഭിപ്രായങ്ങളും ചിന്തകളും രേഖപ്പെടുത്തുന്നു. അറബി ഭാഷ, പ്രയോഗ രീതി, അവതരണ കാരണങ്ങള്‍ തുടങ്ങി ഒരു മുഫസ്സിര്‍ അറിഞ്ഞിരിക്കേണ്ട അടിസ്ഥാന കാര്യങ്ങള്‍ മാനദണ്ഡമാക്കിയാണ് ഇജ്തിഹാദ് നടത്തുന്നത്. 

ഇജ്തിഹാദിനനുസരിച്ച് ഖുര്‍ആന്‍ വ്യാഖ്യാനിക്കാന്‍ പറ്റുമോ എന്ന കാര്യത്തില്‍ പണ്ഡിതന്മാര്‍ക്കിടയില്‍ വീക്ഷണ ഭിന്നതയുണ്ട്. ഇമാം റാഗിബുല്‍ ഇസ്ഫഹാനി പറയുന്നു:   'പൂര്‍വികരെ ഉദ്ധരിക്കല്‍(നഖ്‌ല്) മാത്രം മതിയെന്ന് പറഞ്ഞാല്‍ തനിക്കാവശ്യമുള്ള പല കാര്യങ്ങളും ഖുര്‍ആനില്‍ നിന്ന് അവന്‍ ഒഴിവാക്കുകയാണ് ചെയ്യുന്നത്. എല്ലാവര്‍ക്കും തന്നിഷ്ടപ്രകാരം വ്യാഖ്യാനിക്കാം എന്നു വന്നാല്‍ അത് നന്മയും തിന്മയും കലര്‍ത്താനുള്ള വേദിയൊരുക്കലാണ്. ''അതിലെ വചനങ്ങള്‍ അവര്‍ ചിന്തിക്കാന്‍ വേണ്ടിയും ബുദ്ധിയുള്ളവര്‍ ആലോചിക്കാന്‍ വേണ്ടിയും ആണ് ഇറക്കിയത് എന്ന ഖുര്‍ആനിന്റെ പ്രസ്താവനയുടെ പ്രസക്തി ആരും പരിഗണിച്ചില്ല'' (മുഖദ്ദിമതുത്തഫ്‌സീര്‍ റാഗിബ്: 423, അത്തഫ്‌സീര്‍ വല്‍ മുഫസ്സിറൂന്‍ 1:263).

ചിന്തയ്ക്കും പഠനത്തിനും നിരന്തരം ആഹ്വാനം ചെയ്യുന്ന ഖുര്‍ആന്‍ ഗവേഷണാത്മക പഠനത്തെ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നുണ്ട്. എന്നാല്‍ സൂക്ഷ്മാലുക്കളായ പണ്ഡിതന്മാര്‍ ഖുര്‍ആനിലെ വിജ്ഞാനങ്ങളെ മൂന്നായി തരം തിരിക്കുകയും ഇജ്തിഹാദ് അനുവദനീയമായവ ഏതെന്ന് വ്യക്തമാക്കുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. ഒന്ന്, അല്ലാഹുവിന് മാത്രം അറിയുന്നവ, രണ്ട്, മുഹമ്മദ് നബി(സ്വ)ക്ക് മാത്രം അറിയിച്ചവ, മൂന്ന്, സമുദായത്തെ പഠിപ്പിക്കാന്‍ വേണ്ടി ഖുര്‍ആനില്‍ അവതരിപ്പിച്ച ആശയങ്ങള്‍.

ആദ്യ രണ്ടിനങ്ങളില്‍ ഗവേഷണം അനുവദനീയമല്ല. മൂന്നാം വിഭാഗത്തെ വീണ്ടും രണ്ട് ഉപ വിഭാഗങ്ങളായി തിരിക്കാം. ഒന്ന്, പ്രവാചകനില്‍ നിന്ന് മാത്രം കേട്ട് മനസ്സിലാക്കേണ്ടവ. ഉദാ: പുനരുത്ഥാന സംഭവങ്ങള്‍, പൂര്‍വിക കഥകള്‍ തുടങ്ങിയ കാര്യങ്ങള്‍. ഇവ ഗവേഷണത്തിന്നതീതമാണ്. രണ്ട്, ചിന്തകൊണ്ട് ലഭിക്കുന്ന കാര്യങ്ങള്‍. ഭാഷാപ്രയോഗം, മതതത്വങ്ങള്‍, ഉപദേശങ്ങള്‍, സൂചനകള്‍ തുടങ്ങിയ വിഷയങ്ങളടങ്ങിയ ആയത്തുകളാണവ. ഈ ഇനത്തില്‍ മാത്രമേ ഇജ്തിഹാദ് (ഗവേഷണം) അനുവദനീയമാവുകയുള്ളൂ.