പട്ടുമരക്കാറുടെ മരണശേഷം നാലാം കുഞ്ഞാലി മരക്കാറായി മുഹമ്മദലി മരക്കാര്‍ അവരോധിതനായി. പറങ്കികളുടെ കുടില തന്ത്രങ്ങള്‍ വഴി സംജാതമായ ഭീഷണമായ അവസ്ഥയെയാണ് കുഞ്ഞാലി മരക്കാര്‍ നാലാമന് നേരിടേണ്ടി വന്നത്. വൈദേശികാധിപത്യത്തെ നെഞ്ചുറപ്പോടെ നേരിട്ട് ചരിത്രത്തിന് പുളകം പകര്‍ന്നാണ് ഈ ധീര ദേശാഭിമാനി രക്തസാക്ഷിത്വമേറ്റു വാങ്ങിയത്.
മരത്താല്‍ നിര്‍മിതമായ പുതുപ്പണം കോട്ട അപ്രതിരോധ്യമായിരുന്നു. തുടര്‍ച്ചയായി തിരിച്ചടി നേരിട്ട പോര്‍ച്ചുഗീസ് സംഘത്തിന്റെ നായകന്‍ അല്‍ വാറോഡ ഒടുവില്‍ സാമൂതിരിയെ പാട്ടിലാക്കി. കുഞ്ഞാലി മരക്കാറിനെതിരെ ഇരുവരും ഐക്യപ്പെട്ടു. സാമൂതിരിയില്‍ കുഞ്ഞാലിയെ പറ്റിയുള്ള ഭീതി ജനിപ്പിച്ചായിരുന്നു ഇത്. നായര്‍പട എതിര്‍ത്തിട്ടും സാമൂതിരി കുഞ്ഞാലിക്കെതിരെ നിലകൊണ്ടു.
1599 മാര്‍ച്ച് അഞ്ചിന് സഖ്യസൈന്യം പുതുപ്പണം കോട്ട ഉപരോധിച്ചു. 600 പോര്‍ച്ചുഗീസ് നാവികപ്പടയാളികളും 500 നായര്‍ സൈനികരും അണി നിരന്നു. കുഞ്ഞാലിയുടെ പോരാളികള്‍ അവരെ നേരിട്ടു തോല്‍പ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. അപമാനമായപ്പോള്‍ പറങ്കികള്‍ക്കും സാമൂതിരിക്കും വാശിയേറി.
കടലില്‍ നിന്നുള്ളതിന് പുറമെ കരയില്‍ നിന്നും ആക്രമണം നടത്തി. അതിശക്തമായ ആക്രമണം കുഞ്ഞാലിയെയും കൂട്ടാളികളെയും നില്‍ക്കക്കള്ളിയില്ലാതാക്കി.
വൈദേശിക ശക്തികളുടെ കുടിലതയ്ക്കു വഴങ്ങി സ്വന്തം നാട്ടുകാര്‍ തനിക്കെതിരെ ആയുധമേന്തിയതാണ് കുഞ്ഞാലിയെ വേദനിപ്പിച്ചത്.

കോട്ടയിലൂടെ സ്ത്രീകളുടെയും കുട്ടികളുടെയും ജീവന് ഭീക്ഷണിയുയര്‍ന്നതോടെ, താന്‍ ഏറെ ആദരിക്കുന്ന സാമൂതിരി രാജക്കു മുന്നില്‍ വാളു താഴ്ത്തി കീഴടങ്ങാന്‍ ആ ധീര പോരാളി സന്നദ്ധനായി. ക്രി. 1600 മാര്‍ച്ച് 16ന് കുഞ്ഞാലി കീഴടങ്ങി. എന്നാല്‍ പോര്‍ച്ചുഗീ സുകാരുടെ സഖ്യ കരാറിലൊന്ന്, കീഴടങ്ങിയ കുഞ്ഞാലി മരക്കാറെ തങ്ങള്‍ക്ക് വിട്ടു തരണമെന്നായിരുന്നു. ആ കരാര്‍ സാമൂതിരി നിഷ്‌കരുണം പാലിച്ചു. തന്റെ മുന്‍ഗാമികളായ സാമൂതിരി രാജമാര്‍ക്ക് പറങ്കിപ്പടയുടെ പീരങ്കിയുണ്ടകളില്‍ നിന്ന് നെഞ്ചുവിരിച്ച് പ്രധിരോധം തീര്‍ത്ത നാവിക വീരന്മാരുടെ പിന്മുറക്കാരനെ അദ്ദേഹം ആന്‍ഡ്രെ ഫുര്‍ത്താഡോ എന്ന പോര്‍ച്ചുഗീസ് നായകന് കൈമാറി. നായര്‍ പട എതിര്‍ത്തു നോക്കി. എന്നാല്‍ കോട്ടയിലെ സമ്പത്തു കാണിച്ച് സാമൂതിരി അവരെ പാട്ടിലാക്കി. 

കുഞ്ഞാലി മരക്കാരെയും ഏതാനും കൂട്ടാളികളെയും അവര്‍ ഗോവയിലേക്ക് കൊണ്ടു പോയി. കൈകാലുകള്‍ ബന്ധിച്ച്, ഇരുമ്പു കൂട്ടിലാണ് കൊണ്ടു പോയത്. അത്രയേറെ ഭയമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തെ; പകയുമായിരുന്നു ആ ദേശാഭിമാനിയോട്.

കൂടെയുണ്ടായിരുന്ന നാലു പേരെ ഗോവയില്‍ അവരെ കാത്തിരുക്കുന്ന ജനക്കൂട്ടത്തിനു മുന്നിലേക്ക് ഇട്ടു കൊടുത്തു. അവര്‍ ആ പോരാളികളെ പിച്ചിച്ചീന്തി. കുഞ്ഞാലി മരക്കാറെ അവരുടെ ഗവര്‍ണറുടെ മുന്നിലിട്ട് തലയറുത്തു കൊന്നു. തല ഉപ്പിലിട്ട് കണ്ണൂരിലേക്കയച്ചു. ശരീര ഭാഗങ്ങള്‍ കഷണങ്ങളാക്കി തെരുവിലുമെറിഞ്ഞു. തങ്ങളുടെ കൊള്ളയ്ക്കും തേര്‍വാഴ്ചക്കും വിലങ്ങിട്ട ഒരു ധീരനോട് അധിനിവേശത്തിന്റെ രക്തം പേറുന്നവര്‍ ഇതിലപ്പുറവും ചെയ്യും.

അതേ സമയം, കുഞ്ഞാലിയെ വിട്ടു തരില്ലെന്ന് സാമൂതിരി വാശി പിടിച്ചെന്നും നിര്‍ബന്ധിച്ച് പറങ്കികള്‍ കൊണ്ടു പോയി മൃഗീയമായി കൊന്നതാണെന്നും ആ വാര്‍ത്തയറിഞ്ഞ് സാമൂതിരി പൊട്ടിക്കരഞ്ഞെന്നും ഫാ.ഡി ഫെറോളി Jesuits in Malabar എന്ന തന്റെ കൃതിയില്‍ പറയുന്നുണ്ട്. ഈ ധീര രക്തസാക്ഷിത്വത്തോടെ മലബാറിലെ മരക്കാര്‍ സാന്നിധ്യത്തിന് തിരശ്ശീല താഴുകയും ചെയ്തു.