കട്ടിലശ്ശേരി മുഹമ്മദ് മുസ്‌ലിയാരും എം പി നാരായണമോനോനുമാണ് ആലി മുസ്‌ലിയാരെ ഖിലാഫത്ത് പ്രക്ഷോഭത്തിന്റെ നേതൃനിരയിലേക്ക് കൊണ്ടുവന്നത്. 1920ല്‍ രൂപീകരിക്കപ്പെട്ട തിരൂരങ്ങാടി ഖിലാഫത്ത് കമ്മിറ്റിയില്‍ കെ എം മൗലവിയോടൊപ്പം വൈസ് പ്രസിഡന്റ് എന്ന സ്ഥാനമേ ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ ഏറ്റെടുത്തുള്ളുവെങ്കിലും സമരത്തിന്റെ ചാലകശക്തി അദ്ദേഹം തന്നെയായിരുന്നു. മുന്നിയൂര്‍ പി എം പൂക്കോയ തങ്ങള്‍, വാരിയംകുന്നത്ത് കുഞ്ഞഹമ്മദ് ഹാജി, ചെമ്പ്രശ്ശേരി കുഞ്ഞിസീതി തങ്ങള്‍, കാരാടന്‍ മൊയ്തീന്‍ തുടങ്ങിയവരായിരുന്നു മറ്റു നേതാക്കള്‍. ഏറനാട്, വള്ളുവനാട് താലൂക്കുകളില്‍ സമരം ശക്തിപ്പെട്ടത് ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ നേതൃരംഗത്തെത്തിയ ശേഷമായിരുന്നു. അവിടെയെല്ലാം ഖിലാഫത്ത് കമ്മിറ്റികള്‍ രൂപീകരിക്കാന്‍ അദ്ദേഹം വ്യാപകമായ യാത്രകള്‍ നടത്തി.

ഇതിനിടയിലെല്ലാം ബ്രിട്ടീഷുകാരുമായി ചില ഏറ്റുമുട്ടലുകള്‍ നടന്നിരുന്നു. ഹിന്ദുക്കളും മുസ്‌ലിംകളും തോളുരുമ്മി മുസ്‌ലിയാരുടെ പിന്നില്‍ അണിനിരന്നത് ബ്രിട്ടീഷ് ഭരണകൂടത്തിനുണ്ടാക്കിയത് കടുത്ത തലവേദനയുണ്ടാക്കി. ഖദര്‍ വസ്ത്രം ധരിക്കുകയും അഹിംസാമാര്‍ഗം സ്വീകരിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്ന ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍, ഖിലാഫത്ത് സമ്മേളനങ്ങള്‍ അകാരണമായി മുടക്കുകയും ഖിലാഫത്ത് പ്രവര്‍ത്തകരെ കഠിനമായി മര്‍ദിക്കുകയും ചെയ്ത ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ക്കെതിരെ സായുധമായി പോരാടുന്നതില്‍തെറ്റില്ല എന്ന നിലപാടിലേക്ക് മാറി. ഖിലാഫത്ത് വളണ്ടിയര്‍മാര്‍ സൈനിക രീതിയില്‍ പരിശീലനം നേടുകയും തെരുവുകളില്‍ പരേഡ് നടത്തുകയും ചെയ്തു. ഏറനാടിനെ ഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ച് സമാന്തര ഭരണകൂടം സ്ഥാപിക്കുകയും തലവനായി ആലി മുസ്‌ലിയാരെയുംപ്രധാനമന്ത്രിയായി ലവക്കുട്ടിയെയും പട്ടാളമേധാവിയായി കുഞ്ഞലവിയെയും നാട്ടുകാര്‍ വാഴിക്കുകയും ചെയ്തു. ശാരീരിക ക്ഷമത ഉറപ്പുവരുത്തുന്നതില്‍ കവിഞ്ഞ് ആയുധശേഖരണത്തിനു പോലും അദ്ദേഹം അണികളെ അനുവദിച്ചിരുന്നില്ല. എന്നാല്‍ ആലി മുസ്‌ലിയാരും അനുയായികളും വന്‍തോതില്‍ ആയുധശേഖരം നടത്തുന്നുവെന്നാണ് പ്രചരണമുണ്ടായത്. ഇതോടെ ഇവരെ പിടിക്കാനായി ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ ഓടിനടന്നു.
ചേറൂര്‍ ലഹളയില്‍ രക്തസാക്ഷികളായവരുടെ ഖിലാഫത്ത് സമരം പ്രക്ഷുബ്ധമായ സന്ദര്‍ഭത്തില്‍ നിയമലംഘനത്തിന്റെ ഭാഗമായി ആലി മുസ്‌ലിയാരും അനുയായികളും ഖബ്‌റിടങ്ങളില്‍ സന്ദര്‍ശനം നടത്തി. പ്രതീകാത്മകമായി നടത്തിയ ഈ സമരം സര്‍ക്കാറിനോടുള്ള വെല്ലുവിളിയായിക്കണ്ട് ആലി മുസ്‌ലിയാരെയും അനുയായികളെയും അറസ്റ്റുചെയ്യാന്‍ അധികാരികള്‍ ധൃതികൂട്ടി. കലക്ടര്‍തോമസും ഹിച്ച്‌കോക്കും എസ് പി ആമുവിനെയും പട്ടാളത്തെയും കൂട്ടി 1921 ആഗസ്ത് 19ന് ആലി മുസ്‌ലിയാരെ അറസ്റ്റുചെയ്യാന്‍ തിരൂരങ്ങാടിയിലേക്ക് തിരിച്ചു. ആഗസ്ത് 20ന് വൈകുന്നേരം തോമസും സംഘവും ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ ദര്‍സ് നടത്തുന്ന തിരൂരങ്ങാടി പള്ളി വളഞ്ഞു. പള്ളിയും ആലി മുസ്‌ലിയാരുടെ വീടും പരിശോധിച്ചെങ്കിലും, ആലി മുസ്‌ലിയാരെയോ അനുയായികളെയോ അറസ്റ്റു ചെയ്യാനായില്ല. അവര്‍ ഖിലാഫത്ത് ഓഫീസില്‍ കയറി പതാകയും ഗ്രന്ഥങ്ങളും നശിപ്പിക്കുകയും ചിലരെ അറസ്റ്റിലാക്കുകയും ചെയ്തു. 

ഈ വാര്‍ത്ത നാടാകെ പരന്നു. പള്ളി ആക്രമിക്കപ്പെട്ടു എന്നാണ് പ്രചരിച്ച വാര്‍ത്ത. അതോടെ മലപ്പുറം, കോട്ടക്കല്‍, തിരൂര്‍, താനൂര്‍, പരപ്പനങ്ങാടി ദേശങ്ങളില്‍ നിന്നെല്ലാം കൂറ്റന്‍ ജനസഞ്ചയങ്ങള്‍ തിരൂരങ്ങാടിയിലേക്കൊഴുകി. പോലീസ് സ്റ്റേഷന്‍ ആക്രമിക്കാനൊരുങ്ങിയ ജനക്കൂട്ടത്തെ ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ രംഗത്തെത്തി തടഞ്ഞെങ്കിലും ഫലം കണ്ടില്ല. ജനക്കൂട്ടത്തിനു നേരെ പട്ടാളം തുരുതുരാ വെടിവെച്ചു. വെടികൊണ്ട് വീണപ്പോഴും തരിച്ചുകയറിയ വീര്യത്തോടെ തിരിച്ചടിച്ച മാപ്പിളപ്പോരാളികളുടെ ആത്മധൈര്യത്തിനു മുന്നില്‍ പിടിച്ചുനില്ക്കാനാകാതെ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ ഓടിയൊളിച്ചു. മരിച്ചവരെ ഖബ്‌റടക്കാനും പരിക്കേറ്റവരെ ശുശ്രൂഷിക്കാനും ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ തിരൂരങ്ങാടി പള്ളിയില്‍ നേതൃത്വം നല്കി.

കലക്ടര്‍ തോമസും ഹിച്ച്‌കോക്കും പിറ്റേന്ന് രാവിലെ തിരൂരങ്ങാടിയില്‍ നിന്ന് കോഴിക്കോട്ടേക്ക് രക്ഷപ്പെടാനൊരുങ്ങിയെങ്കിലും റെയില്‍വേ തകര്‍ക്കപ്പെട്ടതിനാല്‍ തീവണ്ടിയില്‍ പോകാനാകാതെ റെയില്‍പാളത്തിലൂടെ ഓടി. ഫറോക്ക് സ്റ്റേഷനില്‍ നിന്ന് തീവണ്ടിയില്‍ ഇരുവരും കോഴിക്കോട്ടേക്ക് രക്ഷപ്പെടുകയാണ് ചെയ്തത്. പോലീസും പട്ടാളവും ഓടിമറഞ്ഞതോടെ തിരൂരങ്ങാടിയും പരിസരവും ഖിലാഫത്ത് ഭരണത്തിലായി. ആലി മുസ്‌ലിയാരുടെയും കുഞ്ഞലവിയുടെയും ലവക്കുട്ടിയുടെയും നേതൃത്വത്തിലായിരുന്നു ആ ഭരണം. ഖിലാഫത്ത് ഭരണത്തില്‍ ആലി മുസ്‌ലിയാരുടെ നേതൃത്വമുള്ളപ്പോള്‍ യാതൊരു അക്രമവും നടന്നില്ലെന്ന് കെ പി കേശവമേനോന്‍ 'കഴിഞ്ഞകാല'ത്തില്‍ പറയുന്നുണ്ട്.
നിരുപാധികം പോലീസിന് കീഴടങ്ങി അറസ്റ്റുവരിക്കണമെന്ന നിര്‍ദേശം മുന്നോട്ടുവെച്ച ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ പാദസേവകന്‍ ഖാന്‍ ബഹാദൂര്‍ ചേക്കുട്ടിയുടെ മുഖത്തുനോക്കി ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ ഗര്‍ജിച്ചത് ഇങ്ങനെയായിരുന്നു: ''യഥാര്‍ഥ മാപ്പിള തന്റെ മതത്തെ രക്ഷിക്കാന്‍ മരിക്കേണ്ടിവന്നാലും ഭയക്കില്ല. വിദേശികളായ കാഫിറുകളുടെ ചെരുപ്പുനക്കുന്ന ചേക്കുട്ടിയെപ്പോലുള്ളവര്‍ക്ക് പേടിയുണ്ടാകും. നിന്നെപ്പോലുള്ളവരാണ്മാപ്പിള സമുദായത്തി ന്റെ ദുരന്തം'' (മലബാര്‍ സമരം, എം പി നാരായണമേനോനും സഹപ്രവര്‍ത്തകരും 75).

1921 ആഗസ്ത് 30ന് ഉന്നത പോലീസ് സൈന്യം തിരൂരങ്ങാടിയിലെത്തി. പ്രദേശം തിരിച്ചു പിടിക്കാനുള്ള വരവായിരുന്നു അത്. പള്ളിയില്‍ മുസ്‌ലിയാരടക്കം 114 പേരുണ്ടായിരുന്നു. ആഗസ്ത് 31ന് രാവിലെ പട്ടാളം പള്ളിക്കുള്ളിലേക്ക് തുരുതുരാ വെടിയുതിര്‍ത്തു, പള്ളിയിലുള്ളവരും അടങ്ങിനിന്നില്ല തിരിച്ചുവെടിവെച്ചു. പലരും പുറത്തിറങ്ങി പട്ടാളത്തെ നേരിട്ടു. ചിലര്‍ മരിച്ചു വീണു. ഡയനാമിറ്റ് വച്ച് പള്ളി തകര്‍ക്കുമെന്ന ഘട്ടം വന്നപ്പോള്‍ ആലി മുസ്‌ലിയാരുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ 37 പേര്‍ പുറത്തുവന്നു, പട്ടാളത്തിന് കീഴടങ്ങി. അവരെ പിറ്റേ ദിവസം തിരൂരിലേക്കും അവിടെ നിന്ന് കോയമ്പത്തൂരിലേക്കും കൊണ്ടുപോയി. രാജാവിനെതിരെ യുദ്ധം ചെയ്തുവെന്ന കുറ്റം ചുമത്തി ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍ക്കും അനുയായികള്‍ക്കും വധശിക്ഷ വിധിച്ചു. 
കോയമ്പത്തൂരില്‍ ആലി മുസ്‌ലിയാരെ തൂക്കിക്കൊന്നുവെന്നും അതേദിവസം രാവിലെ അദ്ദേഹത്തിന് സ്വാഭാവിക മരണം സംഭവിച്ചുവെന്നും പറയപ്പെടുന്നുണ്ട്. കോയമ്പത്തൂര്‍ ശുക്‌റാന്‍ പേട്ടയിലാണ് മൃതദേഹം ഖബറടക്കിയത്.

പാണ്ഡിത്യത്തിന്റെ മഹാഗോപുരമായി, സമുദായത്തിന്റെ അതിജീവനപ്പോരാട്ടത്തിന് കര്‍മകുശലനായ നായകനായിത്തീര്‍ന്ന ഉന്നതജീവിതമാണ് ആലി മുസ്‌ലിയാരുടേത്. 'കുത്തിപ്പിടിക്കുന്ന വടി' കൊണ്ട് ഒരു കാലഘട്ടത്തിന്റെയും ഒരു സമുഹത്തിന്റെയും ദിശ നിര്‍ണയിക്കാന്‍ സാധിച്ച വിപ്ലവ സൂര്യനായിരുന്നു ആലി മുസ്‌ലിയാര്‍.