ഡച്ച് പദമായ 'ഓര്‍ത്ത' എന്ന വാക്കില്‍ നിന്നാണ് ഓടത്തില്‍പള്ളി എന്ന പേരുണ്ടായത്. പൂന്തോട്ടമെന്നാണ് ഇതിന്റെ അര്‍ഥം. ഓര്‍ത്ത ലോപിച്ച് ഓടയായതാണെന്ന് കരുതുന്നു. തലശ്ശേരിയിലെ പ്രമുഖ കുടുംബമായ കേയി കുടൂംബത്തിലെ മൂസയാണ് ക്രി.1792 ല്‍ പള്ളി പണികഴിപ്പിച്ചത്. തലശ്ശേരിയിലെ മുസ്‌ലിം സാംസ്‌കാരികത്തനിമയുടെ നൂറ്റാണ്ടുകള്‍ പഴക്കമുള്ള അടയാളമാണ് ഈ പള്ളി. 

ടിപ്പുവുമായുള്ള യുദ്ധത്തില്‍ ബ്രട്ടീഷുകാരെ സഹായിച്ചതിന്റെ പ്രത്യുപകാരം എന്ന നിലയില്‍ അഞ്ച് ഏക്കര്‍ സ്ഥലം മൂസക്ക് (ചൂരക്കര മൂസ) സൗജന്യമായി നല്കാന്‍ ബ്രട്ടീഷുകാര്‍ തീരുമാനിച്ചു. പള്ളി നിര്‍മിക്കാന്‍ ഉദ്ദേശിച്ചതിനാല്‍ പണം കൊടുത്താണ് സ്ഥലം വാങ്ങിയത്. പൂര്‍ണമായും വാസ്തുവും, തച്ചുശാസ്ത്രവും സമന്വയിപ്പിച്ചുകൊണ്ട് കേരളീയ ശില്പഭംഗിയില്‍ മേലാശാരിമാര്‍ നിര്‍മിച്ചതാണീ പളളി. നിര്‍മാണത്തിനാവശ്യമായ തേക്കിന്‍ തടികള്‍ മുഴുവന്‍ തിരുവിതാംകൂര്‍ മഹാരാജാവാണ് നല്കിയത്. പളളിയുടെ മേല്‍ക്കൂര പാകിയത് ചെമ്പുതകിട് ഉപയോഗിച്ചാണ്. അമ്പലത്തിന്റെ മാതൃകയാണെങ്കിലും ഇന്ന് കാണുന്ന താഴികകുടങ്ങള്‍ പള്ളിക്കു മുകളില്‍ സ്ഥാപിക്കാന്‍ അന്നത്തെ ഭരണാധികാരികള്‍ അനുവാദം നല്കിയിരുന്നില്ല. മൂസയുടെ കാലശേഷം 1825ല്‍ മുഹമ്മദ് കേയിയുടെ കാലത്താണ് സ്വര്‍ണം പൂശിയ താഴികക്കുടം സ്ഥാപിച്ചത്.