മുഹമ്മദ് രണ്ടാമന്റെ ഭരണാനന്തരം സുല്‍ത്താനായത് മകന്‍ ബായസീദ് രണ്ടാമനാണ് (ക്രി.1481-1512). ക്രി. 1481ല്‍ ഭരണമേറ്റ ഇദ്ദേഹത്തിന് ആദ്യവെല്ലുവിളി ഉയര്‍ത്തിയത് ഏക സഹോദരന്‍ ചം(ജം) ആണ്. ബുര്‍സ പ്രവിശ്യയിലെത്തി സൈനിക സന്നാഹം നടത്തിയ ജം സഹോദരന്‍ ബായസീദിനു മുന്നില്‍ ഒരു നിര്‍ദേശം വെച്ചു. യൂറോപ്യന്‍ പ്രവിശ്യകള്‍ ബായസീദ് എടുത്ത് ഏഷ്യന്‍ പ്രദേശങ്ങള്‍ തനിക്കു നല്‍കുക.

നിര്‍ദേശം നിരസിച്ച ബായസീദ് ജമ്മിനെ തുരത്തിയോടിക്കുകയും ചെയ്തു. റോഡ്‌സ് ദ്വീപിലെ ക്രൈസ്തവ പ്രഭുക്കളുടെയും പുരോഹിതരുടെയും പിടിയിലായ ഇദ്ദേഹത്തെ അവര്‍ ബായസീദിനെകൊണ്ട് തങ്ങള്‍ക്കനുകൂലമായ ഒരു സന്ധി അംഗീകരിപ്പിക്കാന്‍ പലപ്പോഴും ആയുധമാക്കി, 1494ല്‍ ജം ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തില്‍ മരിക്കുന്നതുവരെ.

സഹോദരന്‍ മരിക്കുന്നതുവരെ ബായസീദിന് പുറം രാജ്യങ്ങളൊന്നും പുതുതായി കൂട്ടിച്ചേര്‍ക്കുന്ന ചിന്തയുണ്ടായില്ല. ശേഷം യൂറോപ്പിലും ഏഷ്യയിലും പല സൈനിക നീക്കങ്ങളും നടത്തി. അതിര്‍ത്തികളിലുണ്ടായ കൈയേറ്റ നീക്കങ്ങളെ ഫലപ്രദമായി തടയാനായിട്ടുണ്ട്.

ന്യായമായ കാരണങ്ങളില്ലാതെ സ്വതന്ത്ര രാജ്യങ്ങളെ ആക്രമിക്കുന്നത് ശരിയല്ലെന്നായിരുന്നുവത്രെ ബായസീദിന്റെ നിലപാട്. ഇസ്തംബൂള്‍ നഗരത്തെ അറിയപ്പെടുന്ന വ്യാപാരകേന്ദ്രമാക്കി മാറ്റാന്‍ ഇദ്ദേഹത്തിന് കഴിഞ്ഞു. ലോകത്തെ പ്രമുഖ കച്ചവടക്കാരെല്ലാം അവിടേക്ക് വ്യാപാരത്തിനെത്തിയിരുന്നു.

മതകാര്യങ്ങളില്‍ നിഷ്‌കര്‍ഷ കാട്ടിയ ബായസീദ് മുസ്‌ലിംകളെ അതിന് പ്രേരിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. എന്നാല്‍ ജൂത-ക്രൈസ്തവ വിശ്വാസികള്‍ക്ക് പൂര്‍ണ മതസ്വാതന്ത്ര്യവും അനുവദിച്ചിരുന്നു. മത സഹിഷ്ണുതയുടെ മാതൃകയായിരുന്നു അദ്ദേഹം. മുസ്‌ലിം സ്‌പെയിന്‍ ക്രൈസ്തവര്‍ തിരിച്ചുപിടിച്ചപ്പോള്‍ അവിടുത്തെ ജൂതന്മാര്‍ മതാചാരപ്രകാരം ജീവിക്കാന്‍ ഉസ്മാനിയാ ഖിലാഫത്തിനു കീഴിലേക്ക് പലായനം ചെയ്തതായി ചരിത്രകാരന്മാര്‍ എസ്.എന്‍ വിഷന്‍ എഴുതുന്നുണ്ട്. (A History of Middle East page 203)

പൊതുവെ ശാന്തിയും സമാധാനവും നിറഞ്ഞതായിരുന്നു ബായസീദിന്റെ മുപ്പത്തൊന്ന് വര്‍ഷ ഭരണകാലം. 1512 മെയ് 26നായിരുന്നു ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ നിര്യാണം. അതിന്റെ ഒരു മാസം മുമ്പ് പുത്രന്‍ സലീമിനെ ഇസ്തംബൂളില്‍ ക്ഷണിച്ചു വരുത്തി. ഭരണ ഭാരമേല്‍പ്പിക്കുകയും, സ്ഥാനത്യാഗം ചെയ്യുകയും ചെയ്തിരുന്നു.