കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ കേന്ദ്രമായുള്ള ചേരമാന്‍ പെരുമാള്‍ ഭരണം ക്ഷയിച്ചു തുടങ്ങിയപ്പോഴാണ് കോഴിക്കോട്ടെ സാമൂതിരിമാര്‍ ചരിത്രത്തിലിടം നേടിത്തുടങ്ങിയത്. കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ തീരത്ത് അറബികള്‍ കപ്പലിറങ്ങിയിരുന്ന കാലത്തു തന്നെ കോഴിക്കോട്ടും അവര്‍ എത്തിയിരുന്നു. ഹിജ്‌റ രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിനു മുമ്പ് തന്നെ മസ്‌ക്കറ്റില്‍ നിന്നുള്ള വ്യാപാരികള്‍ കോഴിക്കോട്ടെത്തി തമ്പടിച്ചിരുന്നുവെന്ന് സര്‍ദാര്‍ പണിക്കര്‍ പറയുന്നുണ്ട്. കൊടുങ്ങല്ലൂര്‍ തീരം അപ്രസക്തമായിത്തുടങ്ങിയപ്പോള്‍ അറബികള്‍ കോഴിക്കോടിനെ വ്യാപാര കേന്ദ്രമാക്കി. 'കേരള ചക്രവര്‍ത്തി' പദത്തിലേക്ക് സാമൂതിരിയെ ഉയര്‍ത്താനും ഇതു വഴി അറബികള്‍ അഥവാ മുസ്‌ലിംകള്‍ നിമിത്തമായി.

തന്റെ അതിഥികളായെത്തിയ മുസ്‌ലിം വ്യാപാരികളെ ഇരുകൈകളും നീട്ടിയാണ് സാമൂതിരി വരവേറ്റത്. ഇറക്കുമതിക്കും കയറ്റുമതിക്കും പരിപൂര്‍ണ അവകാശം നല്‍കിയും കച്ചവടത്തിന് പൂര്‍ണ സ്വാതന്ത്ര്യം നല്‍കിയും അദ്ദേഹം അവരെ പ്രോത്സാഹിപ്പിച്ചു. മാത്രമല്ല മതസ്വാതന്ത്ര്യവും അനുഷ്ഠാനങ്ങള്‍ നിര്‍വഹിക്കാനുള്ള സൗകര്യവും നല്‍കി. തദ്ദേശീയരെ മുസ്‌ലിംകളാക്കാനും നാട്ടു സ്ത്രീകളെ വിവാഹം ചെയ്യാനുമുള്ള അനുവാദം സാമൂതിരി മുസ്‌ലിം വ്യാപാരികള്‍ക്ക് നല്‍കി. ഇസ്‌ലാമിലേക്ക് മാറാന്‍ ഇതര മതസ്ഥരെ പ്രോത്‌സാഹിപ്പിക്കുക വരെ ചെയ്തിരുന്നു സാമൂതിരി രാജ.

സ്‌നേഹം കൊണ്ടും കൊടുത്തും വളര്‍ന്ന ഈ മുസ്‌ലിം-സാമൂതിരി ബന്ധം കോഴിക്കോടിനെയും സാമൂതിരിയെയും ചൈന, യൂറോപ്പ്, പേര്‍ഷ്യ, ഈജിപ്ത് എന്നീ നാടുകളില്‍ വരെ പ്രശസ്തമാക്കി. (സാമൂതിരിപ്പാടും മുഹമ്മദീയരും, പി. സി. മാനവിക്രമന്‍ രാജ, പേജ് 16).
പില്‍ക്കാലത്ത് ഈ ബന്ധം കൂടുതല്‍ ദൃഢമായി. കോഴിക്കോട് തുറമുഖത്തിന്റെ ഓഫീസര്‍ (ഷാഹ് ബന്തര്‍ ഖാജ) മുസ്‌ലിമിനെയാക്കി. സാമൂതിരി രാജാക്കന്മാരുടെ സ്ഥാനാരോഹണ ചടങ്ങിലെ 'താംബൂല സ്വീകരണ'ത്തില്‍ കല്ലായിക്കടവില്‍ വെച്ച് മുസ്‌ലിം സ്ത്രീയില്‍ നിന്നാണ് പുതിയ സാമൂതിരി താംബൂലം സ്വീകരിച്ചിരുന്നത്. തുടര്‍ന്ന് കോവിലകത്തേക്കുള്ള എഴുന്നള്ളത്തില്‍ നായര്‍ പ്രമുഖര്‍ക്കൊപ്പം ഷാഹ് ബന്തര്‍ ഖാജയും കോഴിക്കോട് ഖാദിയും രാജാവിനെ അനുഗമിക്കും. പ്രസിദ്ധമായ മാമാങ്കോത്സവത്തിലേക്ക് സാമൂതിരി എഴുന്നള്ളുമ്പോള്‍ അദ്ദേഹത്തെ അനുഗമിച്ചിരുന്ന അഞ്ച് പ്രമുഖരില്‍ ഒരാള്‍ ഷാഹ് ബന്ദര്‍ ഖാജയായിരിക്കും. കൊട്ടാര ചടങ്ങുകളില്‍ മുസ്‌ലിം സാന്നിധ്യം അനിവാര്യമായിരുന്നു രാജക്ക്.

കോഴിക്കോട്ടെ ഖാദിക്ക് തലപ്പാവുയര്‍ത്തിയിരുന്നതും വേതനം നല്‍കിയിരുന്നതും സാമൂതിരി രാജമാര്‍ തന്നെയായിരുന്നു. വെള്ളിയാഴ്ചയിലെ ജുമുഅ നമസ്‌കാരത്തിന് പോകാത്ത മുസ്‌ലിംകളെ സാമൂതിരി ശിക്ഷിക്കുക പോലും ചെയ്തിരുന്നുവെന്ന് 'ഫത്ഹുല്‍ മുബീന്‍'(സൈനുദ്ദീന്‍ മഖ്ദൂം) പറയുന്നു.
സാമൂതിരിമാരുടെ മുസ്‌ലിം സ്‌നേഹം കേട്ടറിഞ്ഞ ചില പുറം രാജ്യക്കാര്‍ സാമൂതിരി മുസ്‌ലിം രാജാവാണെന്ന് തെറ്റിദ്ധരിക്കുക പോലും ചെയ്തിരുന്നുവത്രേ. ശൈഖ് സൈനുദ്ദീന്‍ മഖ്ദൂമുമായി നല്ല ബന്ധം പുലര്‍ത്തിയിരുന്നു രാജമാര്‍. പില്‍ക്കാലത്ത് പോര്‍ച്ചുഗീസ് അധിനിവേശമുണ്ടായപ്പോള്‍ അവര്‍ക്കെതിരെ സൈനിക സഹായം തേടി, ശൈഖ് മഖ്ദൂമിനെയും മരക്കാര്‍മാരെയുമായിരുന്നു മുസ്‌ലിം രാജ്യങ്ങളിലേക്ക് അയച്ചിരുന്നത്.

ഈ സ്‌നേഹ ബന്ധത്തിലേക്ക് പീരങ്കി തിരിച്ചു വെച്ചാണ് 1498 ല്‍ വാസ്‌കോഡ ഗാമ ഇവിടെ കപ്പലിറങ്ങിയത്.