സയ്യിദ് അലവി-ഫാത്വിമ ദമ്പതികളുടെ മകനായി 1824 ല്‍ ജനിച്ച മമ്പുറം ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങള്‍ പിതാവില്‍ നിന്ന് വിദ്യാഭ്യാസം നേടി. മക്കയില്‍ പോയി വിവിധ വിഷയങ്ങളില്‍ അവഗാഹം നേടിയ ഫസല്‍ തങ്ങള്‍ നാട്ടില്‍ തിരിച്ചെത്തി ഇസ്‌ലാമിക പ്രബോധനത്തില്‍ സജീവമായി. വിശുദ്ധ ഖുര്‍ആന്‍, ഹദീസ്, തസവ്വുഫ് തുടങ്ങിയ വിഷയങ്ങളില്‍ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രാവീണ്യം പ്രശംസനീയമായിരുന്നു. അതേസമയം സമകാലിക രാഷ്ട്രീയത്തിലും സാമൂഹിക പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളിലും അദ്ദേഹം മുന്‍നിരയിലുണ്ടായിരുന്നു. പിതാവിന്റെ പാതയില്‍, ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ നിലപാടുകളില്‍ അദ്ദേഹം ഉറച്ചുനിന്നു. പത്തൊന്‍പതാം നൂറ്റാണ്ട് നിറഞ്ഞുനിന്ന മമ്പുറം തങ്ങള്‍ രണ്ടാമന്‍ എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങളുടെ നിരവധി ഗ്രന്ഥങ്ങള്‍ പ്രകാശിതമായിട്ടുണ്ട്. അസാസുല്‍ ഇസ്‌ലാം, ഉദ്ദതുല്‍ ഉമറാഅ്, കൗകബുദ്ദുറര്‍ തുടങ്ങിയവ അവയില്‍ പ്രസിദ്ധമാണ്. ഇസ്‌ലാമിന്റെ അടിസ്ഥാനാശയങ്ങള്‍ വിവരിക്കുന്നവയും സ്വദേശാഭിമാനം തുടിക്കുന്നവയും ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ നിലപാട് വ്യക്തമാക്കുന്നവയും അവയിലുണ്ടായിരുന്നു.

ശിആ ആചാരങ്ങളും വിശ്വാസങ്ങളും പ്രചരിപ്പിച്ചിരുന്ന കൊണ്ടോട്ടി തങ്ങന്‍മാരുടെ വിശ്വാസാചാരങ്ങളെയും നിലപാടുകളെയും മമ്പുറം സയ്യിദ് അലവി തങ്ങളും മകന്‍ സയ്യിദ് ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങളും നിശിതമായി വിമര്‍ശിച്ചു. പൊന്നാനി മഖ്ദൂം കുടുംത്തിലെ തങ്ങന്‍മാരും-വിശേഷിച്ചും സൈനുദ്ദീന്‍ മഖ്ദൂം ഒന്നാമനും രണ്ടാമനും-കൊണ്ടോട്ടി തങ്ങന്‍മാരെ ആദര്‍ശപരമായി നേരിട്ടു. പത്തൊന്‍പതാം നൂറ്റാണ്ടില്‍ മലബാര്‍ മുസ്‌ലിംകള്‍ക്കിടയില്‍ പൊന്നാനി കൈക്കാര്‍, കൊണ്ടോട്ടേി കൈക്കാര്‍ എന്നിങ്ങനെ രണ്ടു വിഭാഗമായി വേര്‍തിരിഞ്ഞത് സുന്നീ-ശിആ ആശയങ്ങളുടെ പേരിലായിരുന്നു. എന്നാല്‍ വിവരമില്ലാത്ത സാധാരണക്കാര്‍ കഥയറിയാതെ ആട്ടം കാണുകയായിരുന്നു. 'കൊണ്ടോട്ടി കൈക്കാര്‍' ആയി നിന്നത് യഥാര്‍ഥത്തില്‍ സുന്നീ സാധാരണക്കാരായിരുന്നു. ആശയപരമായ ഈ കുഴമറിച്ചില്‍ മൂലമാണ് കേരളത്തില്‍ സുന്നികള്‍ക്കിടയില്‍ അവരറിയാതെ ശിആ ആചാരങ്ങള്‍ കടന്നുകൂടിയത്. മഖ്ബറകളോടനുബന്ധിച്ചുള്ള വലിയ ഉത്‌സവങ്ങളും ശിആ സംഭാവനയാണ്. ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങളും മഖ്ദൂം കുടുംബവും അത്തരം ആചാരങ്ങള്‍ക്കെതിരായിരുന്നു. കൊണ്ടോട്ടി തങ്ങന്‍മാര്‍ക്ക് ബ്രിട്ടീഷ് സര്‍ക്കാരിന്റെ പ്രത്യേക പദവി ലഭിച്ചതിനാലും ജാറോത്‌സവങ്ങള്‍ കച്ചവടപ്രധാനമായത് കൊണ്ടും പൊതുജനം ഏറ്റെടുക്കുകയായിരുന്നു. 

സയ്യിദ് ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങളുടെ ജനസമ്മിതിയും പാണ്ഡിത്യവും നേതൃപാടവും കണ്ട് ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ അമ്പരന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ നിലപാട് അവരെ പരിഭ്രാന്തരാക്കി. 1843 ലെ ചേറൂര്‍ സമരം ഉള്‍പ്പടെ ആളിപ്പടര്‍ന്നുവരുന്ന ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ ജനവികാരത്തിന്റെ ചാലകശക്തി ഫസല്‍ തങ്ങളാണെന്ന് ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ തിരിച്ചറിഞ്ഞു. അദ്ദേഹത്തെ തളയ്ക്കാന്‍ ശ്രമിച്ചുവെങ്കിലും ആളിക്കത്താവുന്ന ജനരോഷം ഭയന്ന് പ്രത്യക്ഷ നടപടികള്‍ക്ക് മുതിര്‍ന്നില്ല. ജന്‍മിത്തത്തെയും സവര്‍ണ ആചാരങ്ങളെയും ബ്രിട്ടീഷ് മേല്‍ക്കോയ്മയെയും ശക്തമായെതിര്‍ത്ത തങ്ങള്‍ക്ക് ജനപിന്തുണ കൂടിക്കൂടി വരികയായിരുന്നു. കുതന്ത്രങ്ങള്‍ മെനഞ്ഞ് തങ്ങളെ സ്വദേശത്ത് നിന്ന് പറഞ്ഞയക്കാന്‍ ശ്രമിക്കുകയായിരുന്നു വെള്ളക്കാര്‍. രക്തച്ചൊരിലും സ്വസമുദായത്തിലുണ്ടാകാവുന്ന വന്‍ വിപത്തും മുന്നില്‍ കണ്ട തങ്ങള്‍ സ്വമേധയാ നാടുവിടാന്‍ തീരുമാനിക്കുകയായിരുന്നു. യഥാര്‍ഥത്തില്‍ ബ്രിട്ടീഷുകാര്‍ അദ്ദേഹത്തെ നാടുകടത്തുകയായിരുന്നു. ഒടുവില്‍ 1852 ല്‍ ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങള്‍ കുടുംബ സമേതം മക്കയിലേക്ക് യാത്രയായി.

താന്‍ ചെറുപ്പത്തില്‍ മക്കയില്‍ പഠിച്ചിരുന്ന കാലത്ത് സയ്യിദ് ജമാലുദ്ദീന്‍ അഫ്ഗാനിയുടെ ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ ചിന്താധാരയും മുഹമ്മദ്ബ്‌നു അബ്ദില്‍ വഹ്ഹാബിന്റെ തൗഹീദീ ആദര്‍ശവും ഫസല്‍ തങ്ങളെ സ്വാധീനിച്ചിരുന്നു. നാട്ടിലെ തന്റെ പ്രബോധന കാലത്ത് സമൂഹത്തിലെ അനാചാരങ്ങളെ അദ്ദേഹം എതിര്‍ത്തിരുന്നു. അതോടൊപ്പം ബ്രിട്ടീഷുകാരെ ധൈഷണികമായി നേരിടുകയും ചെയ്തു. ഈ രണ്ടുതലങ്ങളിലും അദ്ദേഹം നേരിട്ട എതിര്‍പ്പ് നാടുകടത്തലില്‍ കലാശിക്കുകയായിരുന്നു. കേരളത്തിലെ ഇസ്‌ലാഹീ ആശയത്തിനും നവോത്ഥാനത്തിനും വിത്തുപാകിയതില്‍ മമ്പുറം ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങളുടെ സ്ഥാനം വിസ്മരിക്കപ്പെട്ടുകൂടാ. മുട്ടും വിളി നേര്‍ച്ചക്കെതിരെയും കൊണ്ടോട്ടി തങ്ങന്‍മാരുടെ അനാചാരങ്ങള്‍ക്കെതിരെയും അദ്ദേഹം ഫത്‌വകള്‍ നല്‍കിയിരുന്നു. 

സ്വദേശം വിട്ട ഫസല്‍ തങ്ങള്‍ വെറുതെയിരുന്നില്ല. ഹദറമൗത്, ഇസ്തംബൂള്‍, ഈജിപ്ത് തുടങ്ങിയ സ്ഥലങ്ങള്‍ സന്ദര്‍ശിച്ച് തിരിച്ചെത്തി മക്കയില്‍ താമസമാക്കി. ഹിജാസ് ഗവണ്‍മെന്റില്‍ അദ്ദേഹത്തിന് നിര്‍ണായക സ്വാധീനമുണ്ടായി. അവിടെ ഭരണാധികാരിയുടെ ഉപദേഷ്ടാവായും സേവനം ചെയ്തു. തുര്‍ക്കി ഗവണ്‍മെന്റ് അദ്ദേഹത്തെ യമനിലെ ദോഫാറില്‍(സലാല) ഗവര്‍ണറായി നിശ്ചയിച്ചു. സയ്യിദ് ഫസല്‍ പൂക്കോയ തങ്ങള്‍ കേരള മുസ്‌ലിംകള്‍ക്കിടയില്‍ ജീവിച്ചത് ഒരു പരിഷ്‌കര്‍ത്താവിന്റെ സ്ഥാനത്തായിരുന്നു. ഖുര്‍ആനും സുന്നത്തുമാണ് മുസ്‌ലിംകളുടെ ഉത്തമ ജീവിത മാര്‍ഗമെന്ന് തന്റെ 'ത്വരീഖത്തുല്‍ ഹനീഫ്' എന്ന ഗ്രന്ഥത്തില്‍ അദ്ദേഹം വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്. മമ്പുറത്തെ പഴയ നമസ്‌കാരപ്പള്ളി വിപുലീകരിച്ച് ജുമുഅ തുടങ്ങി. ഫസല്‍ തങ്ങളായിരുന്നു ഖത്വീബ്. കാലികപ്രസക്തമായ വിഷയങ്ങളില്‍ ഖുതുബ തയ്യാറാക്കി വായിക്കുകയായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ പതിവ്. മലബാര്‍ വിട്ടശേഷവും അദ്ദേഹത്തോട് ഫത്‌വകള്‍ എഴുതി ചോദിക്കുമായിരുന്നു. ഫസല്‍ തങ്ങള്‍ ഇസ്തംബൂളിലായിരിക്കെ കേരളത്തില്‍ നിന്ന് ചോദിച്ച ചോദ്യത്തിനുത്തരമായി നല്കിയ ഫത്‌വയുടെ കോപ്പി (അറബിമലയാളം) ഓടക്കല്‍ പള്ളിയിലുണ്ടെന്ന് ചരിത്രകാരന്‍ കെ.കെ.മുഹമ്മദ് അബ്ദുല്‍ കരീം വിശദീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്. കേരളത്തില്‍ പലേടത്തും മഖ്ബറകളൊത്ത് ചേര്‍ന്ന് നടക്കുന്ന നേര്‍ച്ചോത്‌സവങ്ങള്‍ തീര്‍ത്തും ഹറാമാണെന്നായിരുന്നു പ്രമാണങ്ങള്‍ ഉദ്ദരിച്ചുകൊണ്ട് തങ്ങള്‍ നടത്തിയ ഫത്‌വ.  

1901 ല്‍ മക്കയില്‍ നിര്യാതനായി.